В своих научных трудах П. В. Знаменский использовал тогда еще новый метод научного исследования, основанный на мысли о том, что "история не является только биографией высоких лиц и рассказом о громких событиях." Он сумел отойти от голого позитивизма, т. е. от простого описания наиболее значительных фактов из прошлой жизни, стремился увидеть внутреннюю связь событий и явлений. "Историк, - говорит о нем "Православная богословская энциклопедия," - восстанавливает прошлую жизнь общества и народа во всей совокупности составляющих его единиц, подмечая внутренние движущие идеи и господствующие течения этой жизни и соответственно этому подбирая и группируя факты."